Kentte P14 plan karesinde yer alan Merkezî Kilise’de ilk olarak 2010 yılı kazı sezonunda çalışılmaya başlanmış; kilisenin doğu bölümünü açığa çıkarmak üzere 30.00x10.00 m. ölçülerinde bir açma ile bunun yaklaşık 5.00 m. batısında 15.30x5.30 m. ölçülerinde sondaj nitelikli ikinci açma olmak üzere iki alanda çalışılmıştır. Çalışmaların bitiminde kilisenin dışta 17.00x20.10 m. ölçülerinde kuzey-güney doğrultusunda enine dikdörtgen, içte üç nefli bazilikal planlı olduğu ve sondaj çalışmalarında batı sınırı tespit edildiği için iç mekâna, neflerin batı duvarları eksenine yerleştirilmiş birer kapı ile girildiği anlaşılmıştır.

   2011 sezonu çalışmalarıyla kilisenin doğu yarısı ile sondaj alanı arasında kalan bölüm, kilisenin doğu ve kuzey cephesinin önü ve 1 No.lu Mekan (Mutfak/Kiler)’ın batısı açılarak kilise ve etrafındaki yapılar ortaya çıkartılmıştır. İçte orta nef yan neflerden, güney nef de kuzey neften daha geniş yapılmıştır. Orta nefe, batı cephe eksenine yerleştirilmiş bir kapı açıklığından girilmektedir. Nef iç kısımda, doğuda, kuzey-güney doğrultusunda dikdörtgen planlı bemadan sonra yer alan yarım daire planlı apsisle sonlandırılmıştır. Apsisin zemini bemanın zemininden yaklaşık 0.5-0.6 m. daha yüksek yapılmıştır. Apsisin doğu duvarında, eksene simetrik olarak yerleştirilmiş dikdörtgen biçimli birer niş bulunmaktadır. Görülebilen kısımlardan nişlerin yüzeyinin fresklerle süslendiği anlaşılmaktadır. Mekânların zemini tamamıyla opus sectile döşemelidir; kuzey nef hariç duvarların alt kısmı ve kuzey nefte sonradan yapılan bölme duvarının doğu yüzü mermer plakalarla kaplanmış, üst kısmı ise fresklerle bezenmiştir. Zemin döşemeleri, duvarlardaki kaplamalardan sonra yapılmıştır. Ancak batı duvarlar hariç, kaplamanın döşeme üzerine oturtulması; bölgede sık gerçekleşen ve kente büyük zarar veren bir depremde hasara uğrayan diğer duvarlardaki kaplamaların yenilendiğiyle açıklanabilir. Mermer kaplamalardan sonraki duvarın üst yüzeyi, alçı zemin üzeri fresklidir. Orta ve kuzey nefteki freskler tamamıyla dökülmüştür, bu nedenle bezemelerin içeriğini tam olarak tespit etmek mümkün değildir. Ancak moloz dolgu içerisinden toplanan parçalardan; duvar yüzeyinin yatay ve düşey şeritlerle dikdörtgen panolara ayrıldığı, krem rengi zemin üzerine serbest fırça darbesiyle ebru gibi mermer taklidi desenlerin işlendiği, kırmızımsı kahve, yeşil, hardal sarısı ve mavi tonlarının kullanıldığı, bir kısmında da bitkisel bezemeler kullanıldığı anlaşılmaktadır.

   Kilise’nin batısında, kilise boyunca uzanan ve nartheks işleviyle kullanılmış olabilecek kuzey-güney doğrultusunda dikdörtgen planlı bir bölüm bulanmaktadır. Kalan kısımlardan zemininin dikdörtgen ve kare biçimli mermer plakalarla kaplı olduğu görülmektedir. Sonradan kuzey ve güney tarafı duvar örülerek kapatılmış olan bu bölüm batıda, günümüze ulaşan iki postament ve iki kaideden anlaşıldığı üzere sütunlarla sınırlandırılmış, sütunlar orta nefe denk gelen kısmı daha geniş tutularak iki yana eşit aralıklarla yerleştirilmiştir. Postament ve kaideler, daha sonraki bir dönemde iki yana simetrik olarak yapılacak birer çeşmenin doğu köşelerini oluşturacak biçimde kullanılmıştır.

   Kilisenin kuzeyinde, kilisenin kuzey duvarı kullanılarak inşa edilen üç mekânın güney yarısı açığa çıkartılmıştır. Zeminleri kilisenin zemininden daha aşağı kotta bulunan ve birer kapıyla birbirine açılan mekânlardan batıdaki, kuzey nefin bu duvardaki kapı açıklığını kapatacak şekilde yapılan ve günümüze sekiz basamağı ulaşan merdivenden anlaşıldığına göre, çift katlıdır. Kazılar sırasında bulunan çok sayıda çatı kiremidi ve batıdaki mekânda bulunan ahşap kalas parçası, mekânların üzerinin ahşap iskelet üzerine kiremit kaplanarak örtüldüğünü göstermektedir.

   Kilisenin güneydoğusunda 2010 yılında açığa çıkartılan ve 1 No.lu Mekân (Mutfak/Kiler) olarak adlandırılan bölümün batısı ile kilisenin güneybatısı arasındaki alanda bazı mekânlar açığa çıkartılmıştır. Zeminleri kilisenin zemininden daha alt kotta bulunan mekanların güney kısımları henüz açılmamıştır, ancak güneyde, eksenin doğusunda bulunan dikdörtgen planlı bir paye içeren büyük boyutlu bir mekânın, sonradan eklenen duvarlarla beş bölüme ayrıldığı anlaşılmaktadır.

   4 No.lu mekânın güneyinde, 6 No.lu Mekân olarak adlandırılan bölüm bulunmaktadır. Mekânın kazısı henüz tamamlanmamış olmakla birlikte, söz konusu tuğlalar hamamlardaki hypocaust sisteminde zeminin altında yer alan ve sıcak suyun dolaşımını sağlayan pilaelere ait gibi görünmektedir. 6 No.lu Mekânın batısında, doğu yarısı açığa çıkartılan bir başka mekân daha bulunmaktadır. Zemini büyük boyutlu mermer plakalarla kaplı bu mekânın güneybatısında, güneyden-kuzeye uzanan ve ikinci kata çıkışı sağladığı düşünülen bir merdivenin beş basamağı açığa çıkartılmıştır. Kazı çalışmaları yapının M.S. 4. yy.dan, İmparator Focas (602-610) Dönemi depremine kadar kullanıldığını, arkasından mermer kaplama ve döşemelerinin büyük ölçüde sökülerek taşındığını ortaya koymuştur.