Ayaklar İçin Açılan Çukurlar: Aydın Kültür Varlıklarını Koruma Kurulu'nun 19.04.2013 tarihli, 1582 sayılı kararı ile onaylı "Laodikeia Kilisesi Üst Örtü Projesi" doğrultusunda, üst örtü sisteminde yatay malzemeleri taşıyacak olan dikey çelik ayakların oturacağı çukurların açılması ve bu çukurlarda çelik ayakların sabitleneceği beton koloncuk oluşturulması statik olarak uygun görülmüştür. Proje dahilinde belirlenen noktalarda üst örtüyü taşıyacak olan beton koloncukların yerleştirilmesi için kilisenin dört cephesinde, naos duvarının dış sırasında toplamda 19 adet çelik ayak belirlenmiş, bu doğrultuda 18 adet çukurun kazısı yapılmıştır. Kazı çalışmalarında çukurlar, Laodikeia Kilisesi'nin batısında yer alan Kuzey Tiyatrosuna ulaşan sokağın (Tapınak Doğu Sokak) üzerindeki çukurlar 1-4 arasında, kuzeyinde yer alan Laodikeia Kilisesi Kuzey Sokak üzerindeki çukurlar 4-10 arasında, doğusunda yer alan Laodikeia Kilisesi Doğu Sokak üzerindeki çukurlar 10-13 arasında, güneyinde yer alan Laodikeia Kilisesi Güney Mekanlar üzerindeki çukurlar ise 13-19 arasında numaralandırılmıştır. Çukurlarda yapılan kazı çalışmalarında esas amaç, proje dahilindeki çelik ayakların oturacağı beton koloncukların yerleştirilmesi olmak üzere, bu doğrultuda Laodikeia Kilisesi'nin oturtulduğu zemin ve temel blokajı hakkında veri elde etmek, kiliseye ulaşan su hatları ve kiliseden çıkan atık kanallar hakkında bilgi edinmek, ara sokaklardaki ana kanalizasyon sistemi hakkında bilgilere ulaşmak, bu hatlarda oluşan dolgu toprağı temizleyerek kilise içerisinde oluşan nemi engellemek, stratigrafik olarak yapılan çalışmalarda tabakalanmayı belirlemek şeklindedir. Bu amaçlar doğrultusunda çukurlarda başlanan kazı çalışmalarında, esas alınan yöntem, Kilise'nin naos ve temel duvarlarına zarar vermemek ve ele geçirilen arkeolojik materyali öncelikli olarak yerinde korumaktır. Kazısı yapılan çukurların genişlik ve uzunlukları, bu esas doğrultusunda statik esas olmak üzere 1.50 x 1.50 m., 1.75 x 1.75 m. ve 2.00 x 2.00 m. arasında değişmektedir. Statik gereği çukur genişlikleri ile derinlikleri ters orantılı olarak hesaplanmıştır. Bu derinlikler genel olarak 1.44 m. ve 3.01 m. arasında değişmekte olup çukur içerisinde tespit edilen arkeolojik materyale göre belirlenmiştir. Çukurlarda yüzeye oldukça yakın kotlarda tespit edilen künklerin korunması amacıyla derinlik arttırılmış ve beton koloncukların oluşturulması için, yüzeyde yer alan künk hatları belgelendirilip, numaralandırılarak, bilimsel metotlarla daha sonra geri yerleştirilmek üzere kaldırılmıştır. Künklerde yapılan uygulamada öncelikli olarak hassas noktalarda konservasyon çalışmaları ile belgeleme ve numaralandırma yapılmış, sonrasında erkek ve dişi bölümlerin birleştiği noktalardaki bağlayıcı kireç temizlenerek gerekli bölümlere esneme payı kullanılarak ileri geri oynatılıp döndürülmüş ve tasnif alanına kaldırılmıştır. Bazı bölümlerde ise künkler, travers ve çelik tel yardımı ile askıya alınarak yerinde bırakılmış, küngün altında kalan bölüm içe saptırma yapılarak kazısı tamamlanmıştır. Çukurda belgelendirilerek kaldırılan künk, kanal hatları, zemin döşemeleri, kanalizasyon kapakları gibi tüm arkeolojik materyaller gerekli bilimsel çalışmaların tamamlanmasının ardından mevcut yerlerine tekrardan uzman restoratörler tarafından bilimsel yöntemlerle yerleştirilmiş ve bu çukurlar içerisinden çıkartılan toprakla doldurulmuş ve günlük sulama işlemi yapılarak toprağın sıkışarak oturması sağlanmıştır. Laodikeia Kilisesi, üst koruma çatısı projesinin taşıyıcı kolonlarının oturtulacağı çukurların bilimsel metotlarla kazılması ve sonra ortaya çıkartılan arkeolojik materyalin tekrar yerlerine yerleştirilmesi yöntemi ile tüm arkeolojik su hatları ve diğer materyaller aynen korunması ile örnek oluşturabilecek bir çalışma gerçekleştirilmiştir.