Boya Atölyesi kuzeydoğu nekropol çalışmalarında tesadüfen bulunmuştur. Altta yer alan Helenistik-Roma mezarlarının üst kodunda Erken Bizans Dönemine (M.S. 5.yy.) ait bu atölye yapılmıştır.Atölye için gerekli olan su 1990 yılı Goncalı Köyü yolu açımına kadar hemen atölyenin önünden geçmekteydi. Atölye düzgün olmayan dikdörtgen planlı yapılmıştır. Batıdan girişi olan yapının; güney tarafında iki adet ezgi taşı, kuzeybatı köşede ikisi traverten kazan, ikisi pişmiş toprak küp olmak üzere 4 adet süzme kazanı, doğu tarafında 3 adet sıkma ve önünde toplama küpü olan sistemle, olası farklı renklerdeki boyaların hazırlanması sağlanıyordu. Atölyenin batısında yer alan dar dikdörtgen mekânda büyük metal kaynatma kazanı yer alır.
 
  Bitkisel ve madenlerden elde edilecek boyalar iki ezgi taşında öğütülüyordu. Öğütülen boya hammaddeleri suyla karıştırılıp, sıkma taşları vasıtasıyla boyalı su, toplama küplerine aktarılıyor ve daha sonra metal kazandaki kaynatılan suyun içine aktarılıyordu. Bu kazana atılan yün ipler karıştırılarak boyanıyor ve iplerin boyalı sularının süzülmesi için içinde süzgeçleri olan traverten kazanlara atılarak bir müddet bekleniyor ve sonra buradan alınarak kurutuluyordu. Süzgeçli traverten kazanlarda biriken boyalar buradan alınarak tekrar kaynatma kazanına yeni iplerin boyanması için aktarılıyordu. Bu boyahane hem Antik Çağ’da Laodikeia’nın tekstil ticaretini, hem de Denizli’nin tekstil geçmişinin çok eskilere dayandığının somut kanıtıdır. Atölye içinden ezgi taşları, sıkma sistemi ve süzme sistemlerinden alınan örneklerin analizleri, bunların doğal boyalar olduğunu ortaya koymuştur. Bu analizler PAÜ, Fen-Edebiyat Fakültesi, Kimya bölümü öğretim üyesi Prof.Dr. Emin ERDEM tarafından yapılmıştır. Kendisine kazı ekibi olarak teşekkür ederiz.