Kuzey (Kutsal) Agora Batı ve Güney Portik olarak adlandırılan alanlarda yürütülen restorasyon çalışmaları; Aydın Kültür Varlıklarını Koruma Bölge Kurulu’nun 25.12.2015 tarihli ve 4543 sayılı kararı ile onaylanan projeye uygun olarak yapılmıştır.
    Kuzey (Kutsal) Agora Batı (güney uç) ve Güney (batı uç) Portik olarak adlandırılan alanda yürütülen restorasyon çalışmaları; koruma, onarma, sağlamlaştırma ve ayağa kaldırma şeklinde yapılmıştır. Yapılan çalışmalar, bloklardaki özgünlüğe dokunulmadan gerçekleştirilmiş, modern yöntemlerin yanı sıra antik dönemdeki uygulamalar da kullanılarak anastylosis esas alınmıştır ve uluslararası sözleşmelere uygun olarak yapılmıştır.

     Kuzey (Kutsal) Agora Batı Portik Restorasyon Çalışmaları:
    Batı Portik anastylosis esas restorasyon-konservasyon çalışmalarına öncelikle 2014 yılı kazı çalışmalarında ortaya çıkarılan krepidomanın kuzey ucunda sökülerek tahrip edildiği anlaşılan bölümde başlanmıştır. Tamamen tahrip olmuş 13.00 m uzunluğundaki krepidomanın önünde in-situ halde ortaya çıkarılmış olan 3 adet kaide ile bunlara ait sütun tamburlarının özgün konumlarına yerleştirilmesi ve Batı Portik peristasis bütünlüğünün sağlanması amacıyla söz konusu eksik bölüm modern traverten malzeme ile tamamlanmıştır. Anastylosis esas restorasyon çalışmalarına başlanan alanda köşe sütunu ile birlikte toplam 17 adet sütuna ait tamburların eksiksiz olduğu gözlemlenmiş olup altı adet sütunun orta ve üst tamburları, krepidomada ise bir adet kaidenin eksik olduğu tespit edilmiştir.
    Güney ve Batı portiğin kesiştiği kısımda in-situ şekilde ortaya çıkarılan köşe sütunu kaidesinde yoğun şekerlenmeden dolayı kristal bağının çözüldüğü ve kaide üzerinde yoğun çatlakların oluştuğu görülmüştür. Bu yüzden kaidenin köşe sütununa ait tamburları taşıyamayacağı anlaşılmış, söz konusu özgün kaide periyodik olarak uygulanan OH100 ile sağlamlaştırılmış ve alçı ile zarflanarak orijinal konumunun hemen yanında sergilenmek üzere hazırlanan platform üzerine kaldırılmıştır.

     Kuzey (Kutsal) Agora Güney Portik Restorasyon Çalışmaları:
   Güney portik batı uçta ise 11 adet sütun kaidesi orijinal yerinde in-situ halinde bulunmuştur. Sütunlara ait blokların (sütun tamburları, sütun başlığı) deprem ile birlikte kuzeydoğu yöne doğru yıkıldığı ve in-situ olarak bulunan 10 adet sütuna ait tamburun tam olduğu, bir adet sütunda ise yalnızca alt tamburun var olduğu tespit edilmiştir. Tam olan 10 adet sütunun da Ion düzenli başlık taşıdığı gözlemlenmiştir. Düşme pozisyonlarına göre özgün yerleri tespit edilen mimari bloklar ayağa kaldırılmadan önce fotogrametrik taramaları yapılmış ve blokların görünen yüzlerinde bulunan kırık parçalar yapıştırılmıştır. Krepidomada, stylobat üzerindeki özgün yerlerinden kaymış in-situ durumundaki sütun kaideleri yerlerinden kaldırılarak altlarındaki dolgu toprak temizlenmiş ve kaidelerin tamamının stylobata oturması sağlanmıştır.
    Batı ve Güney Portiklerde ayağa kaldırılan sütunlar Diokletianus Dönemi (MS 284-305) depremi arkasından alanın agoraya dönüştürülmesi aşamasında devşirme olarak temenos içinde yer alan Zeus ve Athena tapınaklarının kaide, sütun tamburları ve başlıkları da kullanılarak yapılmıştır. Özellikle bu devşirme kullanım Batı Portikte kendini bariz gösterirken, Güney Portikte daha çok alanın pagan inancında kutsal temenos olarak kullanılması aşamasının (MS 1.-3. yy) mimari blokları tamir edilerek ve üzerleri kemerli tuğlalarla yükseltilerek kullanılmıştır.