Laodikeia Kilisesi'ndeki restorasyon ve konservasyon çalışmaları orta nef, ana apsis, yan apsisler, pastaphorion ve vaftizhane zemininde yer alan opus sectile döşemelerde;  kuzey ve güney neflerde yer alan mozaik zeminlerde ve kilisenin vaftizhane koridorunun duvar derzleri ile kanalizasyon sisteminde yürütülmüştür.

  2013 kazı sezonunda kilisenin yan neflerinde bulunan mozaik kaplı zeminlerden güney nefte 3. ve 4. apsis; kuzey nefte ise 8. ve 9. apsis önlerinde yer alan panellerde çalışmalar yürütülmüştür. Mozaik tabanlar geneli itibariyle kilise yapısının tarihsel süreçte geçirmiş olduğu depremler neticesinde duvar ve çatı yıkıntısı altında ezildiğinden oldukça hasar görmüştür. Mozaik üzerindeki bu tahribatlar daha çok çöküntüler, çatlaklar ve kopmalar şeklindedir. Ayrıca gerek söz konusu yıkımdan ve gerekse kilise ara evre tamiratları ile terk edilme sırasındaki sökümlerden kaynaklı olarak yoğun kayıplar meydana gelmiştir. Bunların yanında toprak altındaki doğal süreç içerisindeki bitki oluşumları, yeraltı sularının neden olduğu nem hareketliliği ve bu durumla bağlantılı olarak ortaya çıkan asidik ve bazik ortam değişiklikleri, sıcaklık farlılıkları sonucunda meydana gelen ıslanma-kuruma döngüleri ve beraberinde hızlanan tuz hareketlilikleri de bozulmalara neden olmuştur. Söz konusu bozulmalar, özellikle tessera altı harçları ile tesseralardan tuğla ve kum taşı olanları yoğun olarak etkilemiştir. Yine bu sürecin bir yansıması olarak mozaikli alanın yüzeyi yer yer kalker oluşumlarıyla kaplanmıştır.  

  Mozaikli alanda gerçekleştirilen koruma ve onarım çalışmalarında; genel olarak “olanı olduğu gibi koruma ve özgün malzemeyle onarma” anlayışı esas alınmış olup, genel çalışma planı bu çerçevede oluşturulmuştur. Bu doğrultuda, mozaik üzerinde yıkıntı basıncıyla oluşan çökme ve yükselme deformasyonları özgün haliyle belgelenerek koruma altına alınmış ve herhangi bir düzeltme yapılmamıştır. Mozaikte tessera altı nukleus ve rudus tabakalarında kullanılan özgün harçlar incelenmiş ve bunlarla uyumlu onarım reçeteleri hazırlanmıştır. Hazırlanan harçlarda bağlayıcı olarak kireç; agrega olarak da tuğla tozu, puzzolan, mermer tozu ile dere ve yatak kumları kullanılmıştır. Tüm agregalar ve harç suyu çözülebilir tuzlardan arındırılmıştır.

  Koruma ve onarım çalışmalarında mozaikli bölümlerin açık kenar kısımları, granülometrisi iri ve ince tutulan iki tip kireç bağlayıcılı harç kullanılarak önce geçici ve çalışma sonunda da kalıcı olarak bordürlenmiştir. Tessara kayıplarının bulunduğu lakunalar (boşluklar) tessera yüzey seviyesinin yaklaşık 1 cm. altında kalacak şekilde yine kireç bağlayıcılı kalın ve ince onarım harcıyla dolgulanmıştır. Yıkıntı basıncı ve özgün harç bağ yapısında oluşan bozulmalar sonucu meydana gelen tessera altı boşluk ve çatlaklar; kireç bağlayıcılı enjeksiyon harçlarının yüzeyden açılan kanallar yoluyla enjekte edilmesiyle doldurulmuştur. Takibi mümkün olan kısmi tessera boşluklarında, kazı sırasında ele geçen orjinal tesseralar kullanılarak tamamlamalar yapılmıştır. Dağılgan durumda olan tesseraların ön konsolidasyonları yapılarak yerinde korunmuş ve yataklarından ayrılan tesseralar kireç bazlı tesselatum onarım harcıyla yerleri bulunarak sabitlenmiştir. Alanda yatakların korunduğu ancak tesseraların bulunmadığı bölümlerde minerolojik olarak aynı oldukları tespit edilmiş özgün özellikli yeni tesseralar hazırlanarak tamamlamalar yapılmıştır. Yüzeyde ve tessera altında oluşan kir ve tuz oluşumları ise distile su, kil ve kâğıt hamuru lapaları ve mekanik yöntemler kullanılarak temizlenmiştir. 

  Laodikeia Kilisesi’nin; narteks, yan nef apsisleri, orta nef, pastaphorion ve vaftizhane bölümlerinin tabanlarında opussectile döşemeler kullanılmıştır. 2013 sezonunda güney nef 5. apsis içi ve ön bölümü, kuzey nef 7. apsis içi, 10. apsis önü ve pastophorion odalarında yer alan opus sectile zeminlerde ve duvarlardaki mermer kaplamalarda koruma ve onarım çalışmaları gerçekleştirilmiştir.

  Opus sectile kaplı alanlarda orijinal taşlar kısmen mevcut olup, yapısal bütünlük ancak döşeme harcı üzerinde belirgin olan negatiflerden yola çıkılarak anlaşılabilmektedir. Çalışmalarda öncelikle korunan parça ve izleri tamamlayabilecek orijinaller, kilisenin tasnif alanında aranmış ve bulunanlar yerlerine yerleştirilmiştir. Uygulamada döşeme parçalarından dağılgan ya da parçalı durumda olanların ön konsolidasyon ve yapıştırmaları yapılmış; orijinal zeminden ayrık olanlar ile tasnif alanından getirilen parçalar, özgün harca bağlı kalınarak hazırlanan kireç bazlı onarım harcıyla yerlerine sabitlenmiştir. Gelen ziyaretçilerin konstrüksiyonu daha iyi algılayabilmeleri için kilisede naosun güney nefinde yer alan 2, 3, 4 ve 5. apsis içleri ile prothesis bölümlerinde eksik kalan yerlerde tamamlamalar yapılmıştır. Uygulamada, tabanda ki izlerden ölçüler alınıp yeni mermerden kesilerek hazırlanan eksik parçalar, kireç bazlı onarım harcıyla yerlerine sabitlenmiştir. Yeni kesilen mermerler orijinal döşeme taşlarının yaklaşık 1 cm aşağısında bırakılarak, orijinal taban döşemelerinin ön plana çıkmaları sağlanmıştır. Aynı alanlarda yer alan duvar plakalarında da yine ilk önce izlerden yola çıkılarak parçalarının aranması işlemi yapılmıştır. Bulunan parçalar yapıştırıldıktan sonra eksik olan kısımlar tek renk mermerden kırığı kırığına hazırlanarak tamamlanmıştır. Duvar plakaları yatak izleri bozulmadan taban kısmında kireç bazlı harç ile yerleştirildikten sonra orijinal yerlerine paslanmaz metal kenetler ile sabitlenmiştir. Yukarıda belirttiğimiz alanlar dışında yer alan opus sectile ve duvar plaka onarımlarında ise temizlik, konsolidasyon ve konservasyon uygulamaları dışında hiçbir müdahale yapılmamış ve yeni eklentilerden kaçınılmıştır.

  Laodikeia Kilisesi’nin son kullanım evresinde naosun kuzey nef 7. apsis ön bölümünde önceki evrelerde mozaik kaplı olduğu anlaşılan zeminde tuğla döşenerek tadilat yapılmıştır. Özgün tadilatta harç olarak kil ve toprak çamuru kullanılmıştır. Alanda koruma ve onarım çalışmaları kapsamında, öncelikle orijinal zeminden ayrık olan parçalar yerlerine sabitlenmiş ve sonrasında tuğla döşemenin orta bölümlerindeki eksik kısımlar, tasnif alanından getirilen parça tuğlalarla düşük seviyede tamamlanmıştır. Uygulamada harç olarak orijinalde olduğu gibi kil ve toprak çamuru kullanılmıştır.

  Kilisenin kuzeyinde bulunan vaftizhane koridorundaki duvarların günümüze koruna gelen bölümlerinde yoğun derz kayıpları mevcuttur. Duvarları oluşturan traverten blokların arasında orijinal derz harcına nadiren rastlanmaktadır. Kayıpların meydana geldiği kısımların toprak, moloz artıkları ve bitki oluşumlarıyla dolmuş olduğu gözlenmiştir. Koruma onarım çalışmaları kapsamında, öncelikle derz araları söz konusu dolgulardan arındırılmış; devamında, özgün harç analizlerinden yola çıkılarak hazırlanan kireç bağlayıcılı onarım harcı ile derz boşluklarının restorasyonu tamamlanmıştır. Ayrıca zeminde yer alan ve kısmen korunarak günümüze ulaşan kanalizasyon sistemleri, gerekli belgeleme ve temizlik çalışmaları tamamlandıktan sonra, kısmi restorasyon ve konsolidasyon müdahaleleri gerçekleştirilerek koruma altına alınmıştır. Vaftizhane koridorunun doğu odasına ait mermer zemin kaplamaları ise pantograf tekniği ile hazırlanan traverten eklerle düşük seviyede tamamlanmıştır.