Laodikeia Kilisesi’nde 2012 yılında ağırlıklı olarak restorasyon ve konservasyon çalışmaları yürütülmüştür. Kilisedeki kalıcı restorasyon çalışmaları koruyucu geçici çatı örtüleri ve ilk durum belgelemeleri yapıldıktan sonra başlatılmıştır. Sezon içerisinde; kilise yapısının duvar derzlerinde, taban mozaiklerinde, duvar kaplamaları ve opus sectile taban döşemlerinde koruma ve onarım uygulamaları gerçekleştirilmiştir.

    Kilise duvarlarının günümüze kadar koruna gelen bölümlerinde yoğun derz kayıpları mevcuttur. Duvarları oluşturan traverten blokların arasında orijinal derz harcına nadiren rastlanmaktadır. Kayıpların meydana geldiği kısımların toprak, moloz artıkları ve bitki oluşumlarıyla dolmuş olduğu gözlenmiştir. Onarımlara geçilmeden önce derz araları söz konusu dolgulardan arındırılmıştır. Devamında, özgün harç analizlerinden yola çıkılarak hazırlanan kireç bağlayıcılı onarım harcı ile derz boşluklarının restorasyonuna başlanmıştır. Büyük bölümü tamamlanan duvar derz onarım çalışmaları 2013 yılı sezonda da devam edecektir.

    Kilisenin yan neflerinde bulunan mozaikli alan; depremlerle birlikte yıkılan duvar ve çatı yıkıntısı altında ezildiğinden oldukça hasar almıştır. Mozaik üzerinde görülen bu tahribatlar daha çok çöküntüler, çatlaklar ve kopmalar şeklindedir. Ayrıca gerek söz konusu yıkımdan ve gerekse kilise ara evre tamiratları ile terk edilme sırasındaki sökümlerden kaynaklı olarak ta yoğun kayıplar meydana gelmiştir. Bunların yanında toprak altındaki doğal süreç içerisindeki bitki oluşumları, yeraltı suları ile nem ve sıcaklık farlılıklarından meydana gelen tuz hareketlilikleri de bozulmalara neden olmuştur. Söz konusu doğal bozulma döngüsü, özellikle mozaik tessera altı harçları ile tesseralardan tuğla ve kum taşı olanları yoğun olarak etkilemiştir. Yine bu sürecin bir yansıması olarak mozaikli alanın yüzeyi yer yer kalker oluşumlarıyla kaplanmıştır.

    Mozaikli alanda gerçekleştirilen koruma ve onarım çalışmalarında; genel olarak “olanı olduğu gibi koruma ve özgün malzemeyle onarma” anlayışı esas alınmış olup, genel çalışma planı bu çerçevede oluşturulmuştur. Bu doğrultuda, mozaik üzerinde yıkıntı basıncıyla oluşan çökme ve yükselme deformasyonları olduğu gibi koruma altına alınmış ve herhangi bir düzeltme yapılmamıştır. Mozaikte tessera altı nukleus ve rudus tabakalarında kullanılan özgün harçlar incelenmiş ve bunlarla uyumlu onarım reçeteleri hazırlanmıştır. Hazırlanan harçlarda bağlayıcı olarak kireç; agrega olarak da tuğla tozu, puzzolan, mermer tozu ile dere ve yatak kumları kullanılmıştır. Tüm agregalar ve harç suyu çözülebilir tuzlardan arındırılmıştır.
Koruma ve onarım çalışmalarında ilk olarak mozaikli bölümlerin kenar kısımları, granülometrisi iri ve ince tutulan iki tip kireç bağlayıcılı harç kullanılarak kalıcı olarak bordürlenmiştir. Tessara kayıplarının bulunduğu lakunalar tessera yüzey seviyesinin yaklaşık 1 cm altında kalacak şekilde yine kireç bağlayıcılı kalın ve ince onarım harcıyla dolgulanmıştır. Yıkıntı basıncı ve özgün harç bağ yapısında oluşan bozulmalar sonucu meydana gelen tessera altı boşluk ve çatlaklar; kireç bağlayıcılı enjeksiyon harçlarının yüzeyden açılan kanallar yoluyla enjekte edilmesiyle doldurulmuştur. Takibi mümkün olan kısmi tessera boşluklarında, kazı sırasında ele geçen orijinal tesseralar kullanılarak tamamlamalar yapılmıştır. Zorunlu hallerde özgün tesseralarla uyumlu taşlardan yeni tesseralar hazırlanmıştır. Yüzeyde ve tessera altında oluşan kir ve tuz oluşumları ise distile su ve mekanik yöntemler kullanılarak temizlenmiştir.
Laodikeia Kilisesi’nde narteks, yan nef apsisleri, orta nef, pastaphorionlar (prothesis ve diakonikon) ve vaftizhanede; tabanlarda opus sectile döşemler ve duvarlarda mermer kaplamalar kullanılmıştır.

    2012 sezonunda ana salon güney nef, 2. apsisinden başlayarak söz konusu kaplama ve döşemler üzerinde bazı koruma ve onarım çalışmaları gerçekleştirilmiştir. Opus sectile kaplı alanlarda orijinal taşlar kısmen mevcut olup, yapısal bütünlük ancak döşeme harcı üzerinde belirgin olan negatiflerden yola çıkılarak anlaşılabilmektedir. Çalışmalarda öncelikle korunan parça ve izleri tamamlayabilecek orijinaller, kilisenin tasnif alanında aranmış ve bulunanlar yerlerine yerleştirilmiştir. Eksik kalan yerler tabanda ki izlerden ölçüler alınıp yeni mermerden kesilerek yerlerine kireç bazlı harçla sabitlenmiştir. Yeni kesilen mermerler orijinal döşeme taşlarının yaklaşık 1 cm aşağısında bırakılarak, orijinal taban döşemelerinin ön plana çıkmaları sağlanmıştır. Duvar plakalarında da yine ilk önce izlerden yola çıkılarak parçalarının aranması işlemi yapılmıştır. Bulunan parçalar yapıştırıldıktan sonra eksik olan kısımlar tek renk mermerden kırığı kırığına kesilerek tamamlanmıştır. Duvar plakaları yatak izleri bozulmadan taban kısmında kireç bazlı harç ile yerleştirildikten sonra orijinal yerlerine paslanmaz metal kenetler ile sabitlenmiştir. Çalışmalara ana salon güney nef 5. apsiste halen devam edilmektedir. 2013 yılında uzman restoratörlerce Laodikeia Kilisesi’nde restorasyon, konservasyon çalışmalarının tamamlanması, kalıcı üst çatı örtüsünün yapılması ve yapının ziyarete açılması hedeflenmektedir.